東京都のフリースクールおすすめ10選【2026年10月更新】料金・助成金・選び方

2024年10月15日2026年10月30日

こんにちは。不登校や発達障害のお子さんのオンラインの居場所、Branchの中里です。

東京都内でフリースクールを探している保護者さんに向けて、都内のフリースクールを10か所紹介します。
あわせて、東京都の助成金（月2万円まで）と、選ぶときに見ておきたいことをまとめました。

各スクールの料金・住所・対象は、2026年10月に各スクールの公式サイトで確かめ直したものです。
料金は変わることがあるので、申し込む前に公式サイトでもう一度確かめてください。

メンターや友だちと、安心して「好き」を楽しめる、学校外の居場所。

Branchは、信頼できる大人のメンターと、学校外の友だちと、安心してつながれるオンラインの居場所です。

不登校や発達障害の子どもたちが「好きなこと」を通じて自信がつき、社会とつながることを目指しています。

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この記事の要点

東京都に住む不登校の小・中学生がフリースクールに通うと、利用料に月2万円まで助成が出ます（入会金・教材費などは対象外）
スクールは「居場所が中心」「勉強が中心」「その間」で雰囲気がかなり違います。お子さんが何を求めているかから選ぶのがいちばんです
フリースクールに通った日が、在籍校の出席として認められることもあります。ただ、中学生は進路との関係もあるので、学校と相談しながら
体験や見学で、スタッフが子ども同士のトラブルをどう把握しているかも聞いておくと安心です

東京都のフリースクール助成金（月2万円まで）

東京都は、不登校の小・中学生がフリースクールなどに通うとき、利用料を助成しています。
令和8年度（2026年度）の内容は、東京都の公式サイトによるとこうなっています。

助成額	利用料に対して月2万円まで（利用料が2万円より少なければ、その全額）。入会金・施設維持費・教材費は対象外
対象	都内に住んでいて、不登校の状態にある小・中学生の保護者。欠席日数は問われません。日中にフリースクールなどに通っていること（夜間・休日だけの利用は対象外）
申請期間	令和8年5月27日〜令和9年2月12日（4月分までさかのぼって申請できます）
申請方法	オンライン（マイページ）か郵送。はじめての人は利用者登録が必要
支給	四半期ごと。在籍校が確認した「利用状況報告」を出したあとに支払われます
問い合わせ	東京都フリースクール等利用料助成金事務局 03-6800-8763（9:00〜18:00、日曜・祝日を除く）

出典：東京都フリースクール等利用料助成金（公式サイト）、東京都報道発表（2026年4月27日）。審査の結果、受け取れない場合もあります。

実際に申し込んだ保護者さんの話

Branchのポッドキャスト「おはようラジオ」で、Branchの利用者で、運営も手伝ってくれている保護者さんが、この助成金に申し込んだときの話をしてくれました（2024年8月の回なので、細かい手順は今と違うところがあるかもしれません）。

話してくれたのは、こんなことです。

思っていたほど難しくなかった。パソコンよりスマホやタブレットのほうがやりやすそう
申請の前に、通っているフリースクールから申請に必要な書類を受け取っておく必要がある
申請する人が世帯主かどうかなどで、必要な書類が変わる。世帯主ではなかったので戸籍謄本が必要だったが、マイナンバーカードでコンビニで取れた
交付が決まると、年4回の利用状況の報告がある。在籍校とのやり取りが必要な書類なので、学校に先にひとこと伝えておくとスムーズ
フリースクールに払った領収書は取っておく

フリースクールの側から見ても、ここ数年で、通った日や活動の中身をきちんと書類で出す形に変わってきています。
手間は少しありますが、月2万円は大きいので、対象になりそうなら申し込んでみてください。

▶ 【おはようラジオ：26】東京都フリースクール助成金、申し込んでみた！

フリースクールを選ぶときに見ておきたいこと

お子さんが何を求めているか

いちばん大事なのは、ここだと思っています。

たとえば、お子さんは「学校の友だちが合わなくて、友だちがほしい」と思っているのに、親が勉強の遅れを心配して、勉強が中心のスクールを選んでしまう。
そうすると、お子さんがもっと大人や集団を苦手になってしまうことがあります。

フリースクールは、大きく分けると次の3つに分かれます。

居場所が中心
勉強が中心
居場所と勉強のあいだ

どれがいいかではなく、お子さんが今どれを求めているか、で考えると選びやすくなります。

「ここに行けば解決」と思わない

学校に行けなくなったら、親としては、まず所属できる場所がほしくなります。
ただ、不登校になってすぐにフリースクールに切り替えられるお子さんは、多くありません。
ラジオのパーソナリティで、Branchの利用者でもある保護者さんの家庭も、対面のフリースクールにつながったのは不登校になって4年目だったそうです。

Branchでは、学校の代わりを1か所で全部まかなおうとしないことを大事にしています。
フリースクールも、習い事も、地域の人も、オンラインの居場所も。
いくつかに薄く広く頼っていくほうが、お子さんも親も苦しくなりにくいと思っています。

▶ 【おはようラジオ#478】「フリースクールという選択／おおたとしまささん」読みました

家からの距離と、行き方

内容がお子さんに合っていても、遠いと通い続けるのが大変です。
外に出ることが少ないお子さんや、感覚過敏のあるお子さんにとっては、電車の乗り降りだけでも負担になります。
家からの道のりは、先に一度たどってみるのがおすすめです。

家から出るのがまだ難しい時期なら、オンラインのフリースクールという選び方もあります。
▶ オンラインのおすすめフリースクール10選

出席扱いになるか

フリースクールに通った日は、在籍校の校長先生の判断で、出席として扱われることがあります（文部科学省「不登校児童生徒への支援の在り方について（通知）」）。
スクールによって、出席扱いの手続きを手伝ってくれるところ、そうでないところがあります。

ラジオでは、パーソナリティの保護者さんがこんな話をしてくれました。
在籍している小学校の校長先生たちがフリースクールに見学に来てくれて、さかのぼって出席として認めてもらえた。
保護者がしたのは、学校とフリースクールの両方に「お願いします」と伝えたことだけで、通った日や活動の記録はフリースクールがまとめて学校に送ってくれた、と。
出席日数にこだわっていたわけではなかったけれど、いざ認められると、存在を認めてもらえたようでうれしかった、とも話していました。

一方で、中学生は少し考えることが増えます。
同じラジオで、別のパーソナリティの保護者さんは、地域によっては、出席扱いにすると長く欠席している生徒向けの高校受験のしくみが使えなくなることがある、と話していました。
地域や、お子さんが考えている進路によって変わるので、中学生の場合はスクールカウンセラーや学校と相談しながら決めるのがいいと思います。

▶ 【おはようラジオ#458】出席認定・フリースクールでの活動が小学校の出席として認められた
▶ 【おはようラジオ#459】オンラインでの学習での出席認定

東京都内のフリースクール10選

情報は2026年10月14日に各スクールの公式サイトで確認しました。料金の「税込」は、公式サイトに税込と書かれているものだけに付けています。

Branch（PR）

Branchは、不登校や発達障害のお子さんのための、オンラインの居場所です（運営しているのは私たちです）。
代官山の教室「Branch room」では、スタッフと1対1で、90分間お子さんの好きなことをして過ごします。
大勢の場が苦手なお子さんが、まず1人の大人と安心して過ごすところから始められます。オンラインのコミュニティで、同年代の子と遊ぶこともできます。

保護者さんの声

うちの子は、まずBranch roomでメンターさんと関係を深め、認められ褒められ自信がついた頃に、笑顔が増えてきました。

その後コミュニティのイベントに参加する様になり、そこで出会った子と個別で遊ぶ様になってからは、小学生男子同士でくだらないギャグや面白動画を見せ合い、ケラケラ笑い転げる様になりました。

一人っ子で親子間では笑いのツボが合わず、中々ギャグや動画で大笑いする事ができなかったので、笑い合える友達ができてとても良かったなと思います。

しばらくオンラインで遊んでいるうちに「会いたいね」と子供同士で話をし、実際に会って遊んだり話したり、楽しそうな息子の様子を見ることができ嬉しく思っています。

名称	Branch room（代官山）
対象	小学生〜高校生
住所	〒150-0034 東京都渋谷区代官山町9-10 Sodacco 2T02
費用	月1プラン月額25,000円（税込）月2プラン月額44,000円（税込）月4プランもあります体験 3,500円／90分
助成金	東京都の助成金の対象施設です（最終的な判断は都が行います）

公式サイト：https://branchkids.jp/articles/services/room

東京未来大学みらいフリースクール

通信制高校や専門学校を運営する三幸学園グループのフリースクールです。
「登校支援」「発達支援」「学習支援」の3つのクラスから選べて、スタンダードのコースでも毎日来なくてよく、お子さんのペースで通えるしくみになっています。

見学に行った保護者さんの声

フロアはガラス張りで明るく、椅子や机も曲線が多く、開放的で優しい雰囲気の内装でした！また新しいです！

調理室や体育館、本やボードゲームもあるので、設備も充実していました。

発達支援担当の先生（公認心理士）の理解が深く、先生同士の会話からも連携して子どもたちをきめ細かく把握していそうだと思いました。

災害を想定した宿泊、日本語学校との異文化交流など、社会の現状を踏まえた上での行事や体験会があるとのこと。

子どもの個性を尊重し何かを押し付けることがないが、最終的には自立して生きていけることを見据えている印象でした（PCやゲーム機を持参してもOK。寝そべりながらノートパソコンでプログラミングをしている子もいた）。

対象	登校支援クラス：小4〜中3（綾瀬・六町）発達支援クラス：小3〜中3（綾瀬のみ）学習支援クラス：小5〜中3（綾瀬のみ）
住所	綾瀬教室：東京都足立区綾瀬2-30-6 六町教室：東京都足立区南花畑1-14-24-301（登校支援クラスのみ）
費用（税込）	入学金 50,000円登校支援クラススタンダード月額62,000円／3DAY 月額48,000円／1DAY 月額24,000円発達支援クラススタンダード月額72,000円／3DAY 月額55,000円／1DAY 月額34,000円学習支援クラススタンダード月額72,000円／3DAY 月額55,000円 ※学費は年間か半期分でまとめて支払い

公式サイト：https://www.freeschool.tokyomirai.ac.jp/

STAGE（KEIO eSPORTS LAB）

京王電鉄が運営する、eスポーツを取り入れたフリースクールです。
元eスポーツチームのコーチから指導を受けられるほか、AI教材で自分のペースで勉強したり、週1回の学習面談やカウンセラーへの相談もあります。出席扱いの手続きもサポートしています。

対象	小4〜中3
住所	東京都調布市布田1-39-1 いちご調布駅前ビル8階（調布駅から徒歩30秒） ※日野市（高幡不動）にも拠点があります
費用（税込）	入会金 22,000円週1ライトコース月額19,800円（オンライン）週3レギュラーコース月額33,000円週5フリーコース月額44,000円

公式サイト：https://keio-esports.com/school/freeschool/

学校法人三幸学園飛鳥未来中等部・初等部（立川教室・お茶の水教室）

東京未来大学みらいフリースクールと同じ、三幸学園のフリースクールです。
4つのコースから登校する日数を選べます。系列の通信制高校や専門学校の先生による授業や、職業体験もあります。

保護者さんの声

うちの息子が、飛鳥未来中等部の立川教室にお世話になりました。

美容、福祉など学べる専門学校や通信制高校併設でしたので、そちらから講師を招いた授業が月に数回ありました。

利用料は安くはないですが、校舎がとてもキレイで、Wi-Fi完備です。

男女の比率は女の子が多めでした。
また、仲間をつくろう！みたいな雰囲気なので、合わない子もいると思います。

途中から学習支援に力を入れ始めたので、そこいらないな～と思いましたが、息子はそんなに拒否反応がなかったみたいです。

うちがそこに決めたのは、switch持ち込みOKだったから。

息子はなかなか友達ができませんでしたが、教室長の先生が根気強くサポートしてくださり、中2の時にスポッチャや遊園地へ友達と行くことができました

その子たちとは今でもLINEでつながっていて、ゲームのイベントに参加したり、直接会って遊んだりしています。

対象	小4〜中3（ネットコースは中学生のみ）
住所	立川教室：〒190-0012 東京都立川市曙町2-19-12 お茶の水教室：〒113-0034 東京都文京区湯島2-31-8
費用	入学金 50,000円スタンダードコース月額62,000円 3DAYコース月額48,000円（立川・お茶の水） 2DAYコース月額30,000円ネットコース月額15,000円 ※月謝に施設費・教材費を含む。放課後学習支援は別料金

公式サイト：https://www.sanko.ac.jp/asuka-fs/

花まるエレメンタリーミドルスクール（吉祥寺）

学習塾「花まる学習会」のグループが運営するスクールです（以前の名前は「花まるエレメンタリースクール」）。
不登校や行き渋りのお子さんも含めて、安心して学べる場をつくることを掲げています。自分で時間割を決める時間や、プロジェクト型の学び、農業などの実体験があります。

対象	小1〜中3
住所	東京都武蔵野市吉祥寺本町2-5-10 いちご吉祥寺ビル3F（吉祥寺駅から徒歩6分）
費用（税込）	月額88,000円（教材費込み）
開いている日	月〜木 9:00〜14:30

公式サイト：https://hanamaru-eschool.jp/

星槎ジュニアスクールPAL立川

幼稚園から大学まで運営する星槎グループのフリースクールで、星槎国際高校立川の学習センターの中にあります。
登校する日数や授業の内容を、お子さん一人ひとりに合わせて決めます。在籍校への訪問や毎月の報告など、学校との連携に力を入れています。高校生と一緒にゼミ授業に参加することもできます。

対象	小学生・中学生
住所	〒190-0022 東京都立川市錦町6-9-5（星槎国際高校立川学習センター内）
費用	公式サイトで料金を確認できなかったため、載せていません。直接お問い合わせください（042-521-3699）

公式サイト：https://seisa.ed.jp/tachikawa/freeschool/

フリースクールゆうがく

2001年に開校した、代々木駅前のフリースクールです。
「学ぶ・育つ・遊ぶ・楽しむ」を支援の柱にしていて、勉強の時間を取りながらも、無理にさせることはしない、居場所としての役割も大事にしているスクールです。

対象	小5〜中3（高校生・既卒生の利用もあり）
住所	〒151-0053 東京都渋谷区代々木1-29-5 3F（代々木駅西口から徒歩0分）
費用（税込）	入会金 55,000円週5コース月額48,000円週2コース月額35,000円 ※入会時に登校準備費6,500円、年度替わりに3,000円

公式サイト：https://www.yuugaku.net/

フリースクール僕んち

1994年から続く、世田谷区のフリースクールです。親の会が運営しています。
決まったカリキュラムや通うペースはなく、来たいときに来ていい場所です。遊ぶ内容やおでかけ先も、子どもたちとスタッフで話し合って決めます。合宿やキャンプもあります。

対象	公式サイトには「唯一の条件は、ご本人の希望である事」とあります
住所	〒155-0033 東京都世田谷区代田4-32-17 サンハイツB
費用	正会員：入会金 50,000円、月会費 35,000円（きょうだい割引で30,000円）準会員：入会金 20,000円、在籍費月20,000円＋利用した日数×2,000円体験：1日5,000円（初回無料）

公式サイト：https://npo-bokunchi.com/

フリースクールリンカーン瑞江

江戸川区のフリースクールです。お子さんの心の安定を第一にしながら、勉強のサポートもあります。
平日5日開いていて、週1日から毎日まで、通い方を選べます。出席扱いの手続きや、発達障害・グレーゾーンのお子さんにも対応しています。

対象	小1〜高3
住所	〒133-0065 東京都江戸川区南篠崎町2-51-5 スタッグハイム1F（瑞江駅から徒歩6分）
費用	月額33,000円（月1回でも毎日でも同じ）入会金は問い合わせ時に案内。体験は無料
開いている日	月〜金 10:00〜14:30

公式サイト：https://lincoln-g.com/

フリースクールLuana

2018年に西東京市の田無に開校した、定員12名ほどの小さなフリースクールです。
決まったカリキュラムはなく、学ぶ内容を自分で決めます。ボードゲームや畑の時間など、週替わりの活動があります。

対象	小学生
住所	東京都西東京市田無町2-10-6 グレイスランド201
費用（税込）	入学金 100,000円週2日コース月額60,000円（授業料30,000円＋施設費30,000円）週4日コース月額75,000円（低学年）／80,000円（高学年） ※授業のない月も施設費がかかります

公式サイト：https://playwithmetime.jimdofree.com/